Biocham
Biocham
Modéliser, analyser ou synthétiser des systèmes de réactions moléculaires pour la biologie cellulaire
L’un des enjeux en biologie des systèmes concerne la compréhension des systèmes d’interactions biochimiques complexes et l’explication de leur comportement.
La machine abstraite biochimique BIOCHAM* est un environnement logiciel permettant de modéliser, analyser ou synthétiser des systèmes de réactions moléculaires en biologie cellulaire.
Avec BIOCHAM, les biologistes peuvent :
- simuler les modèles à différents niveaux d’abstraction (stochastique, continu, booléen),
- formaliser les comportements biochimiques, faire de la recherche automatique de paramètres et de l’analyse de robustesse,
- générer automatiquement des modèles pour satisfaire un comportement donné.
* Biochemical Abstract Machine
BIOCHAM
- Licence : GNU GPL 2
- Environnement de modélisation
- Interface : ligne de commande, Notebook/Jupyter, Interface graphique, serveur web
- BIOCHAM en ligne
Valeur ajoutée
BIOCHAM offre des caractéristiques uniques telles que :
- La spécification formelle des comportements en logique temporelle quantitative, supportant les analyses de sensibilité, robustesse et recherche de paramètres en grande dimension.
- Les analyses statiques de propriétés dynamiques utilisant des algorithmes d’intelligence artificielle
- la synthèse de réseaux de réactions biochimiques abstraites implémentant toute fonction calculable
L’environnement de modélisation BIOCHAM se distingue des solutions disponibles sur le marché par la possibilité de spécifier des comportements semi-qualitatifs semi-quantitatifs, prédire certains types de comportements sans faire de simulation, détecter des relations de réduction de modèles, et synthétiser des réseaux de réactions abstraits pour implémenter une fonction.
Opportunités de collaboration
- Recherche de médicaments
- Optimisation thérapeutique
- Médecine personnalisée
- Synthèse de micro-réacteurs ou de proto-cellules
- Applications nouvelles dans d’autres domaines de systèmes complexes
Découvrez le logiciel BIOCHAM
L'équipe Lifeware
L’équipe-projet Lifeware vise à développer des méthodes formelles et des dispositifs expérimentaux pour comprendre la machinerie cellulaire et établir des paradigmes computationnels en biologie des systèmes.
Lifeware se fonde sur la vision des cellules comme des machines, des réseaux de réactions biochimiques comme des programmes, et sur l’utilisation de concepts et d’outils informatiques pour maîtriser la complexité des processus cellulaires.
L’équipe s’intéresse à des questions de recherche fondamentale sur les correspondances entre structure et dynamique dans les grands réseaux d’interaction, et sur les calculs mixtes analogiques-digitaux. Des interactions étroites entre laboratoires humides et secs sont également essentielles à la réussite du projet de l’équipe. En collaboration avec des biologistes, les chercheurs étudient des questions biologiques concrètes et développent des modèles computationnels calibrés sur des données quantitatives qui permettent de faire des prédictions quantitatives, de revisiter les connaissances biologiques et de concevoir des circuits biochimiques artificiels.
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