CaSQ
CaSQ
Un logiciel pour traduire les représentations statiques des systèmes biologiques en modèles dynamiques
CaSQ est un outil open source qui permet d’approfondir notre compréhension des mécanismes biologiques à l’origine de pathologies en convertissant des représentations d’interactions moléculaires statiques en des modèles dynamiques. Les propriétés de ces modèles dynamiques deviennent alors étudiables par le biais de simulations et de perturbations in silico.
Les cartes d’interactions moléculaires sont en effet largement utilisées pour représenter les mécanismes biologiques et pathologiques de manière complète. Cependant, leur nature statique fournit un aperçu limité du comportement émergent du système biologique décrit dans différentes conditions.
CaSQ a notamment été utilisé pour la production de modèles dynamiques de la carte COVID-19, du développement de la polyarthrite rhumatoïde, ou bien encore d’autres maladies auto-inflammatoires.
Partenaire dans le développement du logiciel :
Université d’Évry
Points forts :
- CaSQ est automatique, « scalable » et rapide
- CaSQ peut traiter des cartes d’interactions moléculaires très volumineuses et complexes
- Il prend comme entrée des cartes statiques au format CellDesigner et les convertit en modèles dynamiques au format standard SBML-Qual
- Les références, les annotations et la disposition de la carte moléculaire CellDesigner sont conservées dans le modèle obtenu, facilitant l’interopérabilité et la réutilisation du modèle
Découvrez le logiciel CaSQ
Cliquez sur l’image pour accéder au notebook Colomoto
Pour aller plus loin :
- Sara Sadat Aghamiri, Vidisha Singh, Aurélien Naldi, Tomáš Helikar, Sylvain Soliman, Anna Niarakis, Automated inference of Boolean models from molecular interaction maps using CaSQ, Bioinformatics, Volume 36, Issue 16, 15 August 2020, Pages 4473–4482, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa484
L'équipe Lifeware
L’équipe-projet Lifeware vise à développer des méthodes formelles et des disp
ositifs expérimentaux pour comprendre la machinerie cellulaire et établir des paradigmes computationnels en biologie des systèmes.
Lifeware se fonde sur la vision des cellules comme des machines, des réseaux de réactions biochimiques comme des programmes, et sur l’utilisation de concepts et d’outils informatiques pour maîtriser la complexité des processus cellulaires.
L’équipe s’intéresse à des questions de recherche fondamentale sur les correspondances entre structure et dynamique dans les grands réseaux d’interaction, et sur les calculs mixtes analogiques-digitaux. Des interactions étroites entre laboratoires humides et secs sont également essentielles à la réussite du projet de l’équipe. En collaboration avec des biologistes, les chercheurs étudient des questions biologiques concrètes et développent des modèles computationnels calibrés sur des données quantitatives qui permettent de faire des prédictions quantitatives, de revisiter les connaissances biologiques et de concevoir des circuits biochimiques artificiels.
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