Centre de recherche Saclay - Île-de-France

CaSQ

CaSQ

Un logiciel pour traduire les représentations statiques des systèmes biologiques en modèles dynamiques

CaSQ est un outil open source qui permet d’approfondir notre compréhension des mécanismes biologiques à l’origine de pathologies en convertissant des représentations d’interactions moléculaires statiques en des modèles dynamiques. Les propriétés de ces modèles dynamiques deviennent alors étudiables par le biais de simulations et de perturbations in silico.

Les cartes d’interactions moléculaires sont en effet largement utilisées pour représenter les mécanismes biologiques et pathologiques de manière complète. Cependant, leur nature statique fournit un aperçu limité du comportement émergent du système biologique décrit dans différentes conditions.

CaSQ a notamment été utilisé pour la production de modèles dynamiques de la carte COVID-19, du développement de la polyarthrite rhumatoïde, ou bien encore d’autres maladies auto-inflammatoires.

 

Partenaire dans le développement du logiciel :

Université d’Évry

Fiche technique

Santé

Points forts :

  • CaSQ est automatique, « scalable » et rapide
  • CaSQ peut traiter des cartes d’interactions moléculaires très volumineuses et complexes
  • Il prend comme entrée des cartes statiques au format CellDesigner et les convertit en modèles dynamiques au format standard SBML-Qual
  • Les références, les annotations et la disposition de la carte moléculaire CellDesigner sont conservées dans le modèle obtenu, facilitant l’interopérabilité et la réutilisation du modèle

Découvrez le logiciel CaSQ

Cliquez sur l’image pour accéder au notebook Colomoto

https://github.com/colomoto/colomoto-docker/blob/for-next/tutorials/CaSQ/CaSQ_from_CellDesigner_to_GINsim.ipynb

 

Pour aller plus loin :

L'équipe Lifeware

La presse en parle

Life Sciences Université Paris-Saclay

25 mai 2020

Inférence automatisée de modèles Booléens à partir de cartes d’interaction moléculaire en utilisant CaSQ